Populous: The Beginning nhận được đánh giá chung đầy thiện chí về việc phát hành với một số lời chỉ trích mạnh mẽ theo sau. Ward Trent của IGN đặc biệt say mê với đồ họa 3D sinh động.[10][14] Edge tuyên bố, "những phiên bản trước đây của Bullfrog luôn đặt lối chơi lên trên sự tinh tế về đồ họa, nhưng đó không còn là vấn đề nữa."[23] Nhà phê bình Ron Dulin của GameSpot' đánh giá cao làm thế nào mà The Beginning là một bản cải tiến táo bạo của dòng game, thay vì phần tiếp theo được chỉnh sửa qua loa một chút (giống như Populous II: Trials of the Olympian Gods trước đó).[4] Computer and Video Games đánh giá The Beginning có một "kiểu chơi tốt hơn" so với bản gốc.[5]

Những lời phàn nàn về game tập trung vào sự khó khăn trong việc kiểm soát tín đồ, sự đơn giản của lối chơi và sự căng thẳng giữa các phong cách của trò chơi. AI của game cho phép đám tín đồ to tự động xây dựng các công trình kiến trúc,[16] nhưng điều này dẫn đến các vấn đề chỉ đạo họ giữa một trận chiến căng thẳng.[4] IGN lưu ý rằng với tín đồ của người chơi tự động đi vào cuộc sống hàng ngày, giá trị chơi lại bị hạ thấp ngay cả với các tùy chọn chơi mạng.[10] Những người khác đồng ý rằng việc tự động hóa khiến lối chơi trở nên quá đơn giản, không cần nâng cấp hay quản lý tài nguyên nghiêm túc,[14][23] một ý kiến của PC Gamer bày tỏ khi họ viết rằng các màn chơi "trở nên lặp đi lặp lại một cách khó hiểu".[24]

Populous: The Beginning có lối chơi rất khác biệt so với những phần trước đó. Edge kết luận rằng mặc dù kiểu chơi cứng nhắc hơn của The Beginning là mới đối với sê-ri, nhưng nó có tác dụng làm cho kết quả cuối cùng "ít dừng phơi bày hơn"; Edge tin rằng trò chơi đã bị vướng vào giữa thể loại god game và RTS, và cũng không nổi trội bên nào cả.[24] PCGamer sau đó đã quyết định trò chơi không thể đáp ứng mong đợi từ các phiên bản trước đó trong dòng game. Đáng mừng hơn, Peter Olafson của GamePro đã viết: "Populous: The Beginning không phải là một game tồi, thực tế là một game hay, nhưng đó là một game khác hẳn—thiếu đi chất lượng tinh túy làm nên tên tuổi Populous."[3]